Exequiel Zeballos volvió a sufrir una lesión con Boca, esta vez en un entrenamiento, y sumó una perla más a un complicado historial de molestias y dolencias que le impiden tener la continuidad que busca. Luego de la victoria ante Newell's por el Torneo Apertura, donde el Changuito fue una de las figuras, Claudio Ubeda se encontró con un dolor de cabeza. El jugador más influyente de la ofensiva del Xeneize no pudo terminar el entrenamiento y finalmente quedó descartado para el duelo. Horas después, el Xeneize publicó un comunicado actualizando el parte médico del atacante, que sufre "una lesión muscular grado 2–3 del bíceps femoral izquierdo" y la recuperación le demandará varias semanas. La historia de Zeballos y las lesiones empezó en un partido de Copa Argentina muy recordado, en el que Milton Leyendeker le pegó una durísima patada que lo sacó de la cancha por 143 días en el duelo entre Agropecuario y Boca por Copa Argentina. El impacto fue tan duro que le provocó la fractura de la tibia. El 7 de enero de 2023 volvió a jugar en un amistoso contra Independiente. “Quiero agradecer a los que estuvieron conmigo: a mis compañeros, al cuerpo técnico, al cuerpo médico y a Román”, decía en aquel entonces. Pero la alegría duraría poco. En febrero, frente a Talleres, jugó 20 minutos y sufrió la rotura de los meniscos. Tras la lesión, Juan Román Riquelme señaló: “Espero que tengamos en claro que cuando el doctor le da el alta no está para jugar todavía, siempre le faltan unos días más”. El 15 de abril de 2023, ingresó faltando 17 minutos contra Estudiantes, en La Bombonera, pero volvió a resentirse de la lesión y se fue desilusionado del campo de juego. Luego regresó ante Barracas Central y tuvo buenos minutos. El 29 de julio, volvió a jugar y marcó un gol y dio un asistencia en el triunfo por 2-0 contra Independiente en Avellaneda. A partir de ahí comenzó a recuperar confianza, con goles y asistencias. Sin embargo, volvería a pasarle lo peor pocos meses después, el 10 de octubre de 2023, en la derrota de Boca 4-3 ante Belgrano. En una jugada sobre la línea lo sacan con el cuerpo, pisa mal y sufre la rotura de los ligamentos cruzados. Se retiró llorando. “Hay que seguir para adelante, no bajar los brazos”, reflexionó tiempo después. Volvió como visitante luego de varios meses en un duelo frente a Independiente del Valle. En 2024, le convirtió un gol a Godoy Cruz y volvió a emocionarse. “Muy contento por cómo estoy terminando el año, feliz”, aseguró. En 2025, Boca jugó por primera vez en este formato del Mundial de Clubes contra Auckland City y Zeballos volvió a lesionarse, en el último partido de la fase de grupos. El 17 de agosto, marcó un gol ante Independiente Rivadavia, como visitante, y abrió el corazón. “No fue un buen año para mí, las lesiones lo hicieron largo”. Su mejor momento quizás llegó justamente a fines de 2025, cuando anotó un gol y dio una asistencia frente a River: “Los planes de Dios son perfectos, hay que tener paciencia y seguir laburando”, aseguraba después de haber sido figura en la victoria xeneize. Y en un 2026 en el que busca consolidarse como una fija en el ataque de Boca, nuevamente una lesión lo marginará por varias semanas.